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부가가치세는 각 사업장마다 신고·납부하는 것이 원칙이나, 사업자가 2이상의 사업장을 가지고 있는 경우 사업자의 신청에 의하여 각 사업장의 납부(환급)세액을 통산하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하는 제도를 주사업장 총괄납부라 합니다.

주사업장 총괄납부란? (법4②)

사업장별 과세원칙에 따라 각 사업장별로 납부(환급)세액을 납부(환급)하게 되면 과세관청이나 납세자 모두 불편하므로 이를 주사업장에서 총괄하여 납부함으로써 납세편의도모 및 불편해소를 위한 제도임.
(신고는 각 사업장별로 하고 세액 납부만 총괄하여 납부함)
총괄납부를 승인받은 사업장은 부가가치세 납부, 세금계산서 발행, 직매장반출시 재화의 공급여부 등에서 총괄납부승인을 받지 아니한 사업장과 세법 적용에 차이가 있다.

총괄납부 요건

총괄납부대상자
주사업장 총괄납부를 할 수 있는 사업자는 2개 이상의 사업장이 있는 법인과 개인을 말함

주된 사업장 (영92 ①)

구 분	주된사업장
법인	본점(비영리법인 : 주사무소), 지점(비영리법인 : 분사무소)중 선택 가능
개인	주사무소만 가능(선택 불가능)

총괄납부신청(영92 ②,③,④)

주사업장에서 총괄하여 납부하려는 사업자는 납부하려는 과세기간 개시 20일 전에 『주사업장총괄납부신청서』를 주된 사업장의 관할 세무서에 제출하여야 함 ⇒ 2010. 7. 1.부터 관할세무서장의 승인을 삭제하여 사업자의 신청만으로 제도를 적용받을 수 있도록 개정함
신청기한
① 기존사업자 : 총괄납부하고자 하는 과세기간 개시 20일전까지
② 신규사업자 : 주사업장의 사업자등록증 받은 날부터 20일 이내
※ 주사업장을 계속 사업중에 종사업장을 신설하는 경우 기존사업자로 보아 신청기한 적용
총괄납부의 효력
• 각 사업장별 납부(환급)세액을 통산하여 주사업장에서 납부(환급) 가능
• 세액의 납부(환급)만 총괄하여 하며, 신고는 각 사업장별로 해야 한다.
• 세금계산서 작성·교부 및 수정신고·경정결정은 각 사업장별로 하여야 한다.
• 직매장 반출 등 내부거래는 재화의 공급으로 보지 않는다.
• 신규사업자 : 신청일이 속하는 과세기간부터 총괄하여 납부
• 계속사업자의 경우 : 총괄납부 하려는 해당 과세기간부터 총괄하여 납부

총괄납부사업자의 업무별 관할세무서

구분	일반신고·페업신고 ·조기환급신고	수정신고·경정청구 ·기한후신고	경 정
신고	각 사업장 관할 세무서장	각 사업장 관할 세무서장	각 사업장 관할 세무서장
납부·환급	주된 사업장 관할 세무서장	각 사업장 관할 세무서장	각 사업장 관할 세무서장

총괄납부의 변경(영93)

주된 사업장에서 총괄하여 납부하는 사업자는 다음의 사유가 발생한 경우에는 사업자의 인적사항·변경 사유 등이 적힌 『주사업장총괄납부변경신청서』 를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

총괄납부의 변경

사 유	변경신청서 제출	비 고
종된 사업장 신설	종사업장 관할세무서장	주사업장총괄납부변경신청서를 제출한 날이 속하는 과세기간부터 총괄하여 납부한다.(영93 ②)
종된 사업장을 주된 사업장으로 변경	주사업장으로 변경하고자하는 관할세무서장
기존의 사업장을 총괄 납부 대상에서 추가	주된 사업장 관할세무서장
사업자등록 정정사유 발생	정정사유 발생한 관할세무서장 ※ 법인대표자 변경은 주사업장 관할세무서장
흡수합병하는 경우	주된 사업장 관할세무서장
일부 종사업장을 총괄 납부 대상에서 제외	주된 사업장 관할세무서장 (2002.1.1 이후)

※ 상기 1호, 4호에 해당하여 신청서를 받은 종된 사업장의 관할세무서장은 주된 사업장의 관할세무서장에게 그 신청서를 지체없이 보내야 한다.(영93 ①)

총괄납부 변경의 효력
『주사업장총괄납부변경신청서』를 제출한 때에는 그 변경신청서를 제출한 날이 속하는 과세기간부터 총괄하여 납부한다.

총괄납부의 적용제외 및 포기

총괄납부의 적용제외 (영6 ①)

총괄납부사업자가 다음의 사유에 해당하는 경우에는 주사업장총괄납부를 적용하지 아니할 수 있다.

적용제외사유
① 사업내용의 변경으로 총괄납부가 부적당 할 때 ② 주된 사업장의 이동이 빈번한 때 ③ 기타 사유로 총괄납부가 부적당할 때

총괄납부의 포기 (영6 ②)

총괄납부사업자가 각 사업장에서 납부하고자 할 때에는 그 납부하려는 과세기간 개시 20일전에 『주사업장총괄납부포기신고서』를 주된 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
※ 종사업장의 폐업으로 총괄납부 포기를 하고자 하는 경우 관할세무서에 총괄납부 전체포기를 신청하여야 한다

총괄납부 적용제외·포기시 효력 발생시기 (영94 ③,④)

주사업장 총괄납부를 적용하지 아니하게 되거나 포기한 경우에 주된 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 내용을 해당 사업자와 주된 사업장 외의 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다.
총괄납부사업자가 총괄납부를 적용하지 아니하게 되거나 포기한 경우에는 그 적용을 하지 아니하게 된 날 또는 포기한 날이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 각 사업장에서 납부하여야 한다.
총괄납부 내용의 변경사항을 신고하지 아니한 경우에도 당초 총괄납부신청을 철회하지 않으면 당초의 총괄납부승인은 유효함.(부가46015-142,1996.01.23)